• Su gran popularidad, como sistema operativo, entre los ordenadores personales, PCs. Se estima que, en el 2007, un 90% de ellos usa Windows. Esta popularidad basada en la facilidad de uso sin conocimiento previo alguno, facilita la vulnerabilidad del sistema para el desarrollo de los virus, y así atacar sus puntos débiles, que por lo general son abundantes.
• Falta de seguridad en esta plataforma, situación a la que Microsoft está dando en los últimos años mayor prioridad e importancia que en el pasado). Al ser un sistema muy permisivo con la instalación de programas ajenos a éste, sin requerir ninguna autentificación por parte del usuario o pedirle algún permiso especial para ello (en los Windows basados en NT se ha mejorado, en parte, este problema).
• Software como Internet Explorer y Outlook Express, desarrollados por Microsoft e incluidos en forma predeterminada en las últimas versiones de Windows, son conocidos por ser vulnerables a los virus ya que éstos aprovechan la ventaja de que dichos programas están fuertemente integrados en el sistema operativo dando acceso completo, y prácticamente sin restricciones, a los archivos del sistema.
• La escasa formación de un número importante de usuarios de este sistema, lo que provoca que no se tomen medidas preventivas por parte de estos, ya que este sistema está dirigido de manera mayoritaria a los usuarios no expertos en Informática. Esta situación es aprovechada constantemente por los programadores de virus.

• Tradicionalmente los programadores y usuarios de sistemas basados en Unix/BSD han considerado la seguridad como una prioridad por lo que hay mayores medidas frente a virus tales como la necesidad de autenticación por parte del usuario como administrador o root para poder instalar cualquier programa adicional al sistema.
• Los directorios o carpetas que contienen los archivos vitales del sistema operativo cuentan con permisos especiales de acceso, por lo que no cualquier usuario o programa puede acceder fácilmente a ellos para modificarlos o borrarlos. Existe una jerarquía de permisos y accesos para los usuarios.
• Relacionado al punto anterior, a diferencia de los usuarios de Windows, la mayoría de los usuarios de sistemas basados en Unix no pueden normalmente iniciar sesiones como usuarios Administradores o root, excepto para instalar o configurar software, dando como resultado que, incluso si un usuario no administrador ejecuta un virus o algún software malicioso, éste no dañaría completamente el sistema operativo ya que Unix limita el entorno de ejecución a un espacio o directorio reservado llamado comúnmente home.
• Estos sistemas, a diferencia de Windows, son usados para tareas más complejas como servidores que por lo general están fuertemente protegidos, razón que los hace menos atractivos para un desarrollo de virus o software malicioso.

• Mensajes que ejecutan automáticamente programas (como el programa de correo que abre directamente un archivo adjunto).
• Ingeniería social, mensajes como ejecute este programa y gane un premio.
• Entrada de información en discos de otros usuarios infectados.
• Instalación de software pirata o de baja calidad.

• Antivirus: los llamados programas antivirus tratan de descubrir las trazas que ha dejado un software malicioso, para detectarlo y eliminarlo, y en algunos casos contener o parar la contaminación. Tratan de tener controlado el sistema mientras funciona parando las vías conocidas de infección y notificando al usuario de posibles incidencias de seguridad.

• Filtros de ficheros: consiste en generar filtros de ficheros dañinos si el ordenador está conectado a una red. Estos filtros pueden usarse, por ejemplo, en el sistema de correos o usando técnicas de firewall. En general, este sistema proporciona una seguridad donde no se requiere la intervención del usuario, puede ser muy eficaz, y permitir emplear únicamente recursos de forma más selectiva.